Wilayah hukum Pengadilan Negeri Yogyakarta meliputi Daerah tingakat II Kota Yogyakarta yang terletak di Ibukota propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, terdiri atas 14 daerah kecamatan yaitu :
| NO | Nama Kecamatan | Nama Kelurahan | |||
| 1. | Kecamatan Mantrijeron | : | a. | Kalurahan Suryodiningratan | |
| b. | Kalurahan Mantrijeron | ||||
| c. | Kalurahan Gedongkiwo | ||||
| 2. | Kecamatan Kraton | : | a. | Kalurahan Patehan | |
| b. | Kalurahan Panembahan | ||||
| c. | Kalurahan Kadipaten | ||||
| 3. | Kecamatan Mergangsan | : | a. | Kalurahan Brontokusuman | |
| b. | Kalurahan Keparakan | ||||
| c. | Kalurahan Wirogunan | ||||
| 4. | Kecamatan Umbulharjo | : | a. | Kalurahan Giwangan | |
| b. | Kalurahan Sorosutan | ||||
| c. | Kalurahan Pandeyan | ||||
| d. | Kalurahan Warungboto | ||||
| e. | Kalurahan Tahunan | ||||
| f. | Kalurahan Muja-muju | ||||
| g. | Kalurahan Semaki | ||||
| 5. | Kecamatan Kotagede | : | a. | Kalurahan Prenggan | |
| b. | Kalurahan Purbayan | ||||
| c. | Kalurahan Rejowinangun | ||||
| 6. | Kecamatan Gondokusuman | : | a. | Kalurahan Kotabaru | |
| b. | Kalurahan Baciro | ||||
| c. | Kalurahan Demangan | ||||
| d. | Kalurahan Terban | ||||
| e. | Kalurahan Klitren | ||||
| 7. | Kecamatan Danurejan | : | a. | Kalurahan Suryatmajan | |
| b. | Kalurahan Bausasran | ||||
| c. | Kalurahan Tegal Panggung | ||||
| 8. | Kecamatan Pakualaman | : | a. | Kalurahan Purwokinanthi | |
| b. | Kalurahan Gunungketur | ||||
| 9. | Kecamatan Gondomanan | : | a. | Kalurahan Prawirodirjan | |
| b. | Kalurahan Ngupasan | ||||
| 10. | Kecamatan Ngampilan | : | a. | Kalurahan Notoprajan | |
| b. | Kalurahan Ngampilan | ||||
| 11. | Kecamatan Wirobrajan | : | a. | Kalurahan Patangpuluhan | |
| b. | Kalurahan Wirobrajan | ||||
| c. | Kalurahan Pakuncen | ||||
| 12. | Kecamatan Gedongtengen | : | a. | Kalurahan Sosromenduran | |
| b. | Kalurahan Pringgokusuman | ||||
| 13. | Kecamatan Jetis | : | a. | Kalurahan Gowongan | |
| b. | Kalurahan Bumijo | ||||
| c. | Kalurahan Cokrodiningratan | ||||
| 14. | Kecamatan Tegalrejo | : | a. | Kalurahan Tegalrejo | |
| b. | Kalurahan Bener | ||||
| c. | Kalurahan Kricak | ||||
| d. | Kalurahan Karangwaru |
